Le carceri, inizialmente parte integrante del Castello di Corte e successivamente incorporate nel Palazzo Borgia nel 1600, furono completate nel 1769. Comprendono ambienti distinti quali la cella di rigore, la cella femminile e le celle destinate ai detenuti maschili, oltre a un cortile angusto che conduce alla cella di isolamento e a un secondo cortile. È possibile notare nelle pareti delle celle delle aperture di dimensioni ridotte, utilizzate per la distribuzione del cibo ai detenuti. Degni di menzione sono gli infissi originali, rinforzati con elementi metallici chiodati, le pavimentazioni in lastroni di pietra, i tavolacci destinati al riposo dei carcerati e le finestre dotate di triplice inferriata. È documentato che sino al XVII secolo venissero eseguite condanne a morte all'interno di tali strutture, come attestato nel registro dei defunti della parrocchia di Santa Maria, oggi divenuta Cattedrale, con una media di 15 esecuzioni capitali per mano del boia. Le carceri rimasero operative fino agli anni ‘70 del ‘900, quando divennero luogo di brevi carcerazioni per piccoli reati (ubriachezza, piccoli furti, etc.), come testimoniano i graffiti ancor oggi visibili sulle pareti di alcune celle, sulle quali i carcerati annotavano i giorni mancanti alla liberazione.
La gestione delle carceri avveniva mediante un processo noto all'epoca come "arredamento", corrispondente concettualmente all'odierno sistema di appalto pubblico. Il vincitore di tale procedura, l'"arredatore", era responsabile della fornitura del cibo ai detenuti, il quale veniva distribuito all'interno delle celle in modo collettivo, affinché i carcerati ne condividessero le porzioni. Tuttavia, questo meccanismo comportava spesso la privazione alimentare per alcuni detenuti, poiché i più robusti tendevano a monopolizzare le risorse a discapito dei più deboli, i quali, in molte occasioni, trovavano la morte per inedia.
I prigionieri erano tenuti a sostenere le proprie necessità con i propri mezzi, mentre coloro privi di risorse ricorrevano all'elemosina, ottenuta attraverso il supporto del carceriere che li accompagnava nelle strade del paese per chiedere l'assistenza dei cittadini.
Numerosi documenti notarili risalenti al Seicento testimoniano la pratica della vendita di immobili, inclusi case e terreni, allo scopo di finanziare il sostentamento dei detenuti, evidenziando così la complessa dinamica economica legata alla gestione carceraria del periodo.