La chiesa di San Francesco d’Assisi, situata ad ovest del centro storico nel rione Cuzzolu, è annessa al convento di San Francesco dei minori osservanti. La sua costruzione in stile gotico-aragonese ebbe inizio nel 1528, coincidendo con il trasferimento dei frati nel convento precedentemente insalubre fondato nel 1470 presso la Madonna del Loreto, situato a valle della città. Inizialmente dedicata ai santi Cosma e Damiano, la chiesa successivamente prese il nome attuale di san Francesco, completando i lavori intorno al 1571 e venendo consacrata nel 1575 alla presenza delle autorità locali.

Nel XVIII secolo, il convento sperimentò una fase di crescita significativa, culminata con l'istituzione nel 1691 del Seminario regionale per i frati destinati alle missioni. Questo periodo di espansione portò a importanti lavori di ristrutturazione, tra cui la realizzazione dell'altare ligneo dipinto di verde e dorato nel 1691-1696, grazie alla generosa donazione dei nobili Manca de Arca, baroni di Monti. Ulteriori interventi, come la collocazione della statua dorata di N.S. della Concezione nel 1697 e il completamento dell'altare da parte dell'artigiano Giacomo Camilla nel 1760-1761, arricchirono l'aspetto artistico della chiesa.

Durante il XVII secolo, nella chiesa di San Francesco fu fondato il gremio degli artigiani, che successivamente cambiò sede nel corso degli anni fino al 1837. Tuttavia, a seguito delle leggi liberali del XIX secolo, il convento e la chiesa furono requisiti dal Governo sabaudo e passarono alla proprietà del Municipio. Quest'ultimo decise di affittare gli edifici all'esercito, che trasformò la chiesa in una caserma a partire dal 1890, causando danni significativi alle opere d'arte presenti.

Solo nel 1936 la chiesa fu restituita e riaperta al culto, subendo successivamente importanti lavori di restauro nel 1977-78. Questi interventi includono il recupero dei dipinti raffiguranti la vita di san Francesco, realizzati dall'artista Eugenio Bardski nel 1979, e la conservazione di due oli su tela di Giuseppe Altana. L'impianto originario della chiesa, caratterizzato dallo stile gotico-aragonese, comprendeva un'aula lunga divisa in cinque campate, con cappelle laterali aggiunte successivamente. Nonostante le modifiche nel corso dei secoli, la chiesa di San Francesco continua a rappresentare un importante patrimonio storico e artistico per la comunità locale.